有人想要害他们，就有火从他们口中出来，烧灭仇敌……这二人有权柄，在他们传道的日子叫天闭塞不下雨；又有权柄叫水变为血，并且能随时随意用各样的灾殃攻击世界……他们作完见证的时候，那从无底坑里上来的兽必与他们交战，并且得胜，把他们杀了……过了这三天半，有生气从　神那里进入他们里面，他们就站起来……两位先知听见有大声音从天上来，对他们说：“上到这里来！”他们就驾着云上了天，他们的仇敌也看见了。」（启11：5-12）季三宝和许明潮在这些预言上毫无应验，更何况，这两个见证人乃是神的先知，根本不会是基督与圣灵。
（2）门徒会把基督与耶稣分离，称「基督的灵降在了三赎身上」。
季三宝从起初对神论就有认识上的错误，他信仰的根基是错的，追求的方向是错的，结果是他越跑的远，就离真理越远。他认定自己是基督再来，就基于他对基督与圣灵错误的认识。
季三宝在概念上将「基督」与「耶稣」分离，以为基督的本质是「基督的灵」，而不是神人二性的耶稣基督。他以为耶稣就是一个普通的人，在耶稣受洗时，「基督的灵」降在耶稣身上，从此，耶稣才成了基督。所以，季三宝以为「基督的灵」可以再次从天上下来降在他身上，而耶稣仍留在天上。他把基督再次成为肉身解释为：「圣父从耶稣身上取走了基督的灵，放在了三赎的身上」；「耶稣和三赎是基督的灵在两个身体里运行」。他们照如此推断：「基督虽已二次道成肉身，但耶稣还在天上，直等到世界的末日他要再来」。
圣经上说神就是灵，他超越时空，超越物质。为了救赎，圣子存心顺服父神的旨意，甘愿成为罪人的样式来到人间，背负世人的罪孽。所以，成为肉身的耶稣是圣子在神性上又加上了人性，他是神人二性的救主，既具有完全的神性，又具有完全的人性。耶稣就是基督，是三位一体神的第二位格——圣子来到人间，而不是「基督的灵」降在耶稣这个人身上。圣父、圣子、圣灵是神的三个独立位格，地位平等，只是他们的分工不同。圣灵顺服圣父与圣子的差遣，成全父与子的工作，所以圣经中称圣灵为「神的灵」、「基督的灵」。因此，「基督的灵」指的就是圣灵，而不是指基督，基督与圣灵是同一位神，但是不同的位格。
季三宝根本不认识真神，他对三位一体观念混乱不清，这也导致他后来的追随者在三位一体神观上混乱不清。我们不妨在此来看一段季三宝的信徒对三位一体的「研究」结果，便可知端倪：「《圣经》上说，子（基督）在父（耶和华）里面，父在子里面，我（基督）在你（神的儿女）里面，你在我里面，所以三位一体应是：神、基督、神的儿女。神是神的一个位格，这是无可非议的；经上说，只有认子的，父才认他，不信子的，父也不认他，所以基督也是神的一个位格；要谈三位一体，首先在于相信有神，各人如果不信，对各人来说就没有神，如果所有人都不相信，对于世人来说世上就根本没有神，因此信徒应是神的一个位格。所以三位一体应是父、子、神的儿女为一体。」（引自门徒会信徒的网上发帖）
 
2.门徒会否认耶稣基督救赎的功效，声称季三宝弥补了耶稣的不足。
门徒会甚至称耶稣所遭遇的与常人不一样，季三宝比耶稣受苦更完全，他弥补了耶稣的不足。他们说：「耶稣未娶妻生子，所遭遇的和我们不一样，没有受更多的苦。三赎道成肉身和我们凡人一样，有家眷、地产等，受了我们每个人所受到的苦，他才配担当我们每个人的罪。他里面装着神的灵，上与神沟通，下与人沟通，有人的一面，有神的一面，成为了中保。」
此外，他们还引用经文：「耶和华却定意将他压伤，使他受痛苦；耶和华以他为赎罪祭。他必看见后裔，并且延长年日，耶和华所喜悦的事，必在他手中亨通。」（赛53：10）他们说，「那“压”字恐怕以赛亚先知也不知道，因三赎是由于车祸离世的」。言外之意，耶稣不是被「压」而死，三赎是被「压」而死，他才应验了经上的预言。而且，他们说这节经文提到「他必看见后裔」，而耶稣并没有儿女，三赎才有儿女。因此，他们说：「在当今时代，基督就是三赎，除他之外，别无拯救。所以一切不信他的基督徒都将和非基督徒一样遭到审判，坠入硫磺火海」。
门徒会的这种说法是强词夺理，明显违背圣经的教导。只有无罪的人才配担当人的罪，如经上说：「神使那无罪的，替我们成为罪。好叫我们在他里面成为神的义。」（林后5：21）因此，只有没有罪性也没犯过罪的耶稣基督才配担当我们的罪，而且，他一次献祭，赎罪的事就永远完全，「因为他一次献祭，便叫那得以成圣的人永远完全。」（来10：14）并且，耶稣在凡事上受了试探，他能体恤我们各方面的软弱。如经上说:「因我们的大祭司并非不能体恤我们的软弱，他也曾凡事受过试探，与我们一样；只是他没有犯罪。」（来4：15）「所以，他凡事该与他的弟兄相同，为要在神的事上成为慈悲忠信的大祭司，为百姓的罪献上挽回祭。他自己既然被试探而受苦，就能搭救被试探的人。」（来2：17－18）
门徒会称耶稣没有妻儿，所以不能体恤我们受的苦。照如此说的话，耶稣没做过女人，他就不能体恤女人的苦；耶稣没有做过老年人，他就不能体恤老人的苦；耶稣没做过盲人，他就不能体恤盲人的苦……难道救主要尝试到各种社会角色才有资格做救主吗？经上说，耶稣「也曾凡事受过试探，与我们一样」，因此他能体恤我们的软弱。耶稣所受的是人本性软弱上的试探，他能体恤人本性中的软弱，只是他没有犯罪。此外，「耶和华却定意将他压伤」，是指圣父定下旨意要圣子经受苦难，以他自己为赎罪祭。下面便提到「他必看见后裔」，指他必看见因自己的苦难而救赎的百姓，这里绝不是指肉身的子孙后代。门徒会在这些解经上完全照着自己的私意，而不懂得圣经的真意。
 
3.门徒会曲解圣经，将「生命粮」作为判定信徒属灵生命的标准。
季三宝自称祷告时，看见一个光柱插在板柜里，光中的麦子如水一般往柜里流，从此柜子里的一点麦子总是吃不完，直到第二年接上新麦子（如前面所引述）。《闪光的灵程》里还记载：「三赎（家）自从信神后，家里长年接待弟兄姊妹，那怕三十多人、五十多人每次一锅饭不仅够吃，而且还有剩的。（锅是一尺七寸口径）」。季三宝联系到圣经中「五饼二鱼」（约6：1－14）的事情，及列王纪上十七章记载的撒勒法的寡妇家里「坛内的面果不减少，瓶里的油也不缺短」（王上17：16）的事，认为神会赐给信徒「生命粮」。
季三宝规定，他的信徒每天要总结（用秤称）所吃粮食（米、面等主食，不包括蔬菜、水果、肉、蛋等副食）的重量，一个合格的信徒不管多大饭量，每人每天吃的粮食不能超过二两（这也是门徒会又被称为「二两粮」的原因）。意思是说，神会赐福给信徒「生命粮」，而且信徒灵命越高，每日所总结的粮食数量则会越少；而如果信徒每日总结的粮食超过二两，就表示他尚未真心悔改或是信心不足。此外，季三宝还提出「发酵粮」的概念，即信徒吃的粮食不但不减少，甚至还越吃越多，有这样经历的人是更蒙福的。他们称末后的日子会有大饥荒，吃上生命粮或发酵粮的人就不会饿死。于是，门徒会将总结「生命粮」作为操练信徒的信心与灵性的一种途径，并在底层组织安排人定时统计每个人的「生命粮」情况。为了宣扬与鼓励信徒总结「生命粮」，