在中国政府的不断打压下，门徒会的组织曾多次遭到摧毁，多数骨干分子被逮捕。但是，因为门徒会活动隐秘，他们中也有不少骨干未被政府发现，他们便前赴后继，继续建立与发展门徒会组织。而且，门徒会比以前更加提高了警惕，针对政府的行动采取了更多防范措施。一方面教导信徒不要惧怕，「尤其面对盘查，要求必须大胆做见证，辨明真道，否则必惹主怒，后患无穷」；另一方面，告诫信徒「对外做见证遇盘查谨记两点，一不要承认自己的身份，只承认神名；二不要出卖牵连他人。」
此外，门徒会不承认外界给他们所起的「门徒会」、「二两粮」等名称，而是打着基督教的旗号，或自称「三赎基督」。这样，很多不知情的人就会把门徒会与基督教混淆，以为两者是一回事。他们也开始利用网络传播，在网络上开设自己的网站和博客，发布门徒会的教义、见证、灵歌及信仰体会的帖子，进行宣传与交流。如今，互联网上关于「三赎基督」的信息已经非常多，门徒会信徒的跟帖也不计其数。随着门徒会吸收的有一定知识的人增多，他们有人在网上针对外界对他们的批判进行「护教」，为他们的教义进行辩驳。也有人开始有意识地对门徒会教义进行修正，就如对于「三赎」的意义，他们中有人提出新观点：「为啥叫“三赎”，不是三次救赎，因为神历代多次拯救。正确是：父、子、灵三位一体，道成肉身，作的是灵、道、现实三位一体的工作，所以叫三赎。」
门徒会的组织严密，管理严格，传播方式很有效果，这些年在中国得到迅速蔓延与扩张。目前，门徒会已由农村开始发展到城市，信徒从普通农民发展到知识分子甚至是国家干部，以致延伸到了国外。有资料称，已有国外势力在资助门徒会开办培训班，训练更多的做工人员。门徒会这些年已经悄然成为了中国最具规模的异端，已经渗入到广大百姓中间，拥有了很深的群众基础。如果得不到限制的话，门徒会还将会有更大的发展，并会长期影响教会与中国的社会。
五、对门徒会异端兴起的反思
对各种基督教的异端追根溯源，他们基本上都是从传统教会内部发起并分裂出去的。门徒会是在中国新兴的一个异端，短短二三十年的时间，它从无到有，并且迅速壮大，占据了众多百姓的心灵。门徒会以唯一真正得救的教会自居，而且控制信徒思想上的自由，这使很多人一旦加入了门徒会，就会很难再被改变。其实，我们看到，门徒会的很多教导与解经听起来荒唐可笑，然而，它却能迷惑住那么多的人，并让很多人为它不惜任何代价。门徒会虽为异端，但从表现上，他们很多的领袖及信徒比起正统教会的人来更加热心，祷告更加迫切，传教更加积极。这使我们以正统教会自居的人们感到羞愧，也当引起正统教会的反思。
在异端思潮的冲击面前，教会要时时自己省察，并有责任起来捍卫真道，抵挡异端，「为从前一次交付圣徒的真道竭力地争辩」（犹1：3）。在此，我们对门徒会迅速兴起的原因做出简要分析，并对教会针对门徒会异端应当采取的措施提出建议。
- 门徒会异端兴起的原因
基督教（新教）传入中国仅二百多年时间，其中相当长的时间内，都是外国宣教士做教会的牧养与治理工作。新中国成立后，国外宣教士遭到中国政府的驱逐，而国内传道人在神学基础上还很薄弱。文革期间，中国教会受到了严重冲击，神学院校停办，神学教师及教牧人员出现年龄上的断层。改革开放后，中国教会得到快速发展，但传道人的数量严重不足，重新开办的神学院数量与规模很有限，远不能满足教会的需要。而且神学院的教学以及图书馆设备缺乏，神学书籍数量较少，尤其缺乏扎实的解经和神学书籍。中国很多的传道人及教会同工都缺乏系统的神学训练，很多农村家庭教会的传道人通常只参加过一些短期的培训就出来传道和牧养教会，但他们对许多经文的解释不能完全掌握，甚至随意解释。
教会神学根基的薄弱，传道人解经的不严谨，在真理上给魔鬼留了攻击的破口。门徒会的创始人季三宝是在文革刚刚过去的时候接触的信仰，这时的教会正处在薄弱时期，对真理的认识与教导上还很缺乏，对异端的认识还不够，这就给了这个异端发展的空间。而且，中国地区广大，农村中出现的异端无法立刻受到控制，结果使其任意蔓延。
（2）季三宝信仰根基的错误
门徒会创始人——季三宝起初加入的真耶稣教会是在五旬节运动的影响下建立起来的，五旬节运动致力于追求属灵的恩赐，但在解经上却不够严谨。在五旬节派影响下，真耶稣教会的创始人都努力寻求灵恩，结果他们都声称听到「神的声音」，然后依据这个声音创立了他们的教义：唯独耶稣的神体一位论、守旧约安息日、遵守十诫律法、将洗脚礼定为圣礼、受洗时必须会说方言等，并自诩为「圣灵晚雨在东方所建的真教会」。季三宝对三位一体神观、基督论及圣灵论的模糊不清、对遵守十条诫命的教导、末日救恩从东方而来、自称真正得救的教会等等，这些观念与真耶稣教会如出一辙。可以说，季三宝的信仰从一开始就没有建立在真理的根基上，他根本没真正看见耶稣基督在十字架上永远赎罪的功效。而季三宝后来加入的异端——呼喊派则将季三宝带向更错误的方向，其创始人李常受的异端邪说——基督肉身受造论、基督有罪身论为季三宝杜撰的「基督的灵降在他的身上」提供了理论基础。
（3）季三宝寻求方向的错误
季三宝虽然迫切祷告、努力追求，但他没有行在耶稣基督的真道上，他的方向从一开始就是错误的。他相信有神，但他根本没有真正认识这位神是谁，他的认识实际上只是对灵界的认可。他外表谦卑，但他的罪恶本性却没有与耶稣基督一同钉死在十字架上，他内心中仍是以自我为中心。在他的寻求过程中，「为了不断寻求神的旨意，三赎常常祷告几天几夜……祷告不出神的旨意、不罢休！病人不祷告平安、不罢休！事情不解决、不罢休！天不开、不见光、不罢休！」季三宝的这种祷告一方面是强求，另一方面他也根本没有靠耶稣基督的血来到真神面前。魔鬼正是抓住了季三宝的个人野心，在他竭力祷告的时候，魔鬼便向他说话，引导他走向了抵挡真理的异端之路。这正应验了经上的话：「圣灵明说：在后来的时候，必有人离弃真道，听从那引诱人的邪灵和鬼魔的道理。」（提前4：1）「他们说是认识神，行事却和他相背；本是可憎恶的，是悖逆的，在各样善事上是可废弃的。」（多1：16）
（4）门徒会的迷惑性、隐蔽性
有一些异端迅速兴起，但因为其教义上的极大偏差与表现上的邪恶而较被容易识别，且不会持续发展，就像中国近代出现的异端「被立王」、「冷水教」、「东方闪电派」、「灵灵教」、「鹿寨方舟」、「末日教派」等。门徒会与这些异端比起来，则更具迷惑性与隐蔽性。门徒会打着基督教的旗号，聚会形式采取家庭聚会
